为争夺汗位发生内斗，也先不花汗坐上汗位。玉努斯汗(也称羽奴思汗)率部到帖木儿帝国避难，喀什噶尔地区被帖木儿王朝将领占据。

　　此时，蓝帐汗国乌兹别克部在阿布里海尔时期强盛征服了白帐汗国等地区，白帐汗国俩汗率部20余万到也先不花汗避难。也先不花汗为了对抗乌兹别克部，采取了结盟哈萨克部的策略。也先不花汗时期，汗国也有短暂强盛，使得南疆各诸侯主动表示忠诚和归顺。

　　也先不花汗多次进军帖木儿王朝在河中北部地区，1456年玉努斯汗在帖木儿王朝的支持下东征跟也先不花汗分庭抗礼。1462年也先不花汗去世后，玉努斯汗乘机西征占据整个伊犁地区。

　　汗国内乱导致东察合台汗国内部东西分裂，哈萨克人占据了汗国西北部，笃思忒马黑麻逃到南疆避难，于是玉努斯汗征服吐鲁番并吞了哈密。1472年笃思忒马黑麻之子怯别二世被杀，玉努斯汗统一了整个汗国。南疆则继续分封给马黑麻·海答儿。

　　1479年，马黑麻·海答儿继子阿巴癿乞儿公开跟自己继父对抗，并准备派兵五万攻打喀什噶尔。马黑麻·海答儿得知后，先发制人派兵三万攻打和田地区的阿巴癿乞儿，不幸被击败。无奈之下他请求玉努斯汗，玉努斯汗亲自帅军六万骑兵，联合马黑麻海达尔的三万骑兵，总共九万骑攻打叶尔羌的阿巴癿乞儿。

　　联军被击败，玉努斯汗北回伊犁，马哈麻海达尔回到阿克苏，南疆南北由马黑麻·海答儿和阿巴癿乞儿分治。

　　玉努斯汗于公元1487年病死于塔什干，长子马哈木在塔什干继位。但是他的统治版图仅限于塔什干和塔拉斯等汗国西部地区，而内外伊犁和北疆东疆等地由其兄弟阿黑麻汗统治，南疆也名义上归顺他。

　　玉努斯汗死后，帖木儿王朝的乌马儿·沙黑·米儿咱和速檀·阿黑麻·米儿咱兄弟(皆为米儿咱·速檀卜撤因之子)便妄图从新汗手中夺回塔什干城。马哈木率军出击，不仅收复乌什图儿城，并且击败了乌马儿·沙黑·米儿咱的进攻。

　　不甘心失败的速檀·阿黑麻·米儿咱后又复率15万大军征讨塔什干城，马哈木率军迎战。速檀·阿黑麻米儿咱下辖的沙亦乩汗(月即别阿不海儿汗孙子)反叛并降附了马哈木汗，导致速檀·阿黑麻米儿咱彻底失败。

　　于是，在阿黑麻汗的统治下东察合台汗国强势，1487年和1493年东向攻打哈密，迫使大明撤出哈密。北方则进军瓦剌，从额尔齐斯河北部地区赶出瓦剌人。西方也进军乌兹别克-哈萨克三次并取得胜利。南向也征服阿巴癿乞儿，使其归顺。

　　然而1503年时，阿黑麻汗进军河中被三方联军所打败甚至被俘，回到阿克苏不

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